《厦门大学学报（自然科学版）》于1931年创刊，是由教育部主管、厦门大学主办、国内外公开发行的综合性学术期刊（双月刊），是我国自然科学核心期刊。本刊以印刷版、网络版的方式同时出版。 主要刊载自然科学各学科的最新研究成果，包括自然科学基础理论研究、应用基础研究、高新技术方面的学术论文。所刊载的论文分三大类型：（1）“综述”：报道某前沿领域的最新研究进展。（2）“研究论文”：刊载理工科基础理论研究与实验研究学术论文。（3）“研究简报”：刊载内容新颖、实用（或阶段性）的成果。
自1931年创刊以来，本刊得到了校内外作者、读者的大力支持。改革开放后，办刊质量得到迅速提升。1994年以来，被引频次及影响因子均居全国综合类高校前列，先后被国内外多家核心期刊和数据库收录为刊源，多次被评为全国、华东地区、福建省的优秀科技期刊。2001年入选国家新闻出版总署评定的“中国期刊方阵”；2003获国家新闻出版总署颁发的“第二届国家科技期刊百种重点期刊奖”；2006—2012年连续四届获得国家教育部科技司颁发的“中国高校精品科技期刊奖”；2008年和2011年连续两届获评“中国精品科技期刊”；2008年荣获“首届福建省十佳期刊”；2009年在全国高校科技期刊“三优”评比中被评为“编辑质量优秀期刊”；2009—2021年华东地区优秀期刊评选中连续四届获“华东地区优秀期刊奖”；2011年在《中国学术期刊评价报告》（2011-2012）中 被评为“RCCSE中国权威学术期刊”；2015年和2017年连续两届荣获“中国高校科技期刊优秀网站奖”；2016—2020年连续三届获评“中国高校百佳科技期刊奖”；2021年收录于《科技期刊世界影响力指数（WJCI）报告》。